一种寡核苷酸色谱保留时间预测方法
专利类型：发明专利
语 言：中文
申 请 号：CN200910191822.1
申 请 日：20091208
申 请 人：重庆大学
申请人地址：400044 重庆市沙坪坝区沙正街174号
公 开 日：20120704
公 开 号：CN101846658B
代 理 人：
代理机构：
摘 要：本发明公开了一种寡核苷酸色谱保留时间预测方法，包括如下步骤：a)基于主成分分析方法，建立核酸序列结构表征方法-碱基三维性质得分；b)用碱基三维性质得分表征寡核苷酸的结构；c)用自交叉协方差方法对每个寡核苷酸的表征变量做归一化处理；d)用遗传算法挑选与寡核苷酸的色谱保留指数密切相关的性质参数；e)应用径向基核支持向量机建立寡核苷酸色谱保留时间预测模型，分别以自取代检验，留一法交互检验以及外部检验三种方法验证模型的预测能力。该方法可用于寡核苷酸色谱保留时间预测，寡核苷酸定量结构保留关系分析，优化选择合适的色谱实验条件以及参数。
主 权 项：一种寡核苷酸色谱保留时间预测方法，其特征在于包括如下步骤：A)具体包括A1)精选5种碱基的585种三维性质参数；A2)对585种性质参数做主成分分析，得到4个主成分；A3)计算各主成分得分，建立碱基三维性质得分；B)用碱基三维性质得分涉及的4个主成分得分对寡核苷酸的结构进行表征，其中的每个碱基用4个碱基三维性质得分表征；C)用自交叉协方差处理得到的每个寡核苷酸的表征变量，设置步长L为9，使每个寡核苷酸的表征变量数目一致；D)用遗传算法挑选与寡核苷酸的色谱保留时间密切相关的性质参数，并作为模型的输入变量；E)应用径向基核支持向量机建立寡核苷酸色谱保留预测模型，以自取代检验，留一法交互检验以及外部检验验证模型的预测能力，将每个寡核苷酸样本的输入变量带入模型并计算色谱保留时间。
关 键 词：
法律状态：生效
IPC专利分类号：G01N30/02; C12Q1/68