一种蛋白质与RNA相互作用位点计算识别方法
专利类型：发明专利
语 言：中文
申 请 号：CN200910191887.6
申 请 日：20091214
申 请 人：重庆大学
申请人地址：400044 重庆市沙坪坝区沙正街174号
公 开 日：20100519
公 开 号：CN101710364A
代 理 人：
代理机构：
摘 要：本发明公开了一种蛋白质与RNA相互作用位点计算识别方法，包括如下步骤：a)基于主成分分析方法，建立蛋白质结构表征方法-氨基酸二维性质得分；b)用氨基酸二维性质得分表征蛋白质与RNA相互作用位点的结构特征；c)用遗传算法挑选同蛋白质与RNA相互作用位点密切相关的特征参数；d)应用径向基核支持向量机建立蛋白质与RNA相互作用位点识别模型，分别以自取代检验，留1/5法交互检验以及外部检验三种方法验证模型的预测能力。该方法可用于蛋白质与RNA相互作用位点预测及特异性分析，对于深入理解基因表达调节、蛋白质合成及许多病毒复制与装配等过程至关重要。
主 权 项：一种蛋白质与RNA相互作用位点计算识别方法，其特征在于包括如下步骤：a)具体包括a1)精选20种天然氨基酸的640种二维性质参数；a2)对640种性质参数做主成分分析，得到12个主成分；a3)计算各主成分得分，建立氨基酸二维性质得分；b)用氨基酸二维性质得分表征蛋白质与RNA相互作用位点的结构特征，其中的每个氨基酸用12个氨基酸二维性质得分表征；c)用遗传算法挑选同蛋白质与RNA相互作用位点特征密切相关的性质参数，并作为模型的输入变量；d)用径向基核支持向量机建立蛋白质与RNA相互作用位点识别模型，以自取代检验，留1/5法交互检验以及外部检验验证模型的预测能力，将每个样本的输入变量带入模型并计算识别蛋白质与RNA相互作用位点。
关 键 词：
法律状态：
IPC专利分类号：G06F19/00(2006.01)I