基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法
专利类型：发明专利
语 言：中文
申 请 号：CN201010277719.1
申 请 日：20100910
申 请 人：重庆大学
申请人地址：400044 重庆市沙坪坝区沙坪坝正街174号
公 开 日：20151021
公 开 号：CN101950326B
代 理 人：赵荣之
代理机构：北京同恒源知识产权代理有限公司 11275
摘 要：本发明涉及生物信息处理领域，具体涉及一种基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，能够同时对多个DNA序列进行相似性检测，简化了计算复杂性，提高了运算效率，并能提高较近进化距离的分析对象间的区别度；包括如下步骤：1)获取不同物种相同功能区域的DNA编码序列作为初始序列；2)对步骤1)所得的初始序列进行数字转换，得到初始序列对应的数值序列；3)对步骤2)所得的每个数值序列通过R/S分析方法获得得到各个数值序列的Hurst指数；4)利用步骤3)所得的Hurst指数构建距离矩阵。5)从步骤4)获得的距离矩阵获得序列相似性信息。
主 权 项：基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：包括如下步骤：1)获取不同物种相同功能区域的DNA编码序列作为初始序列；2)对步骤1)所得的初始序列进行数字转换，得到初始序列对应的数值序列；3)对步骤2)所得的每个数值序列通过R/S分析方法获得得到各个数值序列的Hurst指数；4)利用步骤3)所得的Hurst指数构建距离矩阵；5)从步骤4)获得的距离矩阵获得序列相似性信息，即：距离数值越小的Hurst指数对应的DNA编码序列，其对应物种相似性越大，反之，其对应物种相似性越小；所述步骤2)中，采用2D图形表示法对初始序列进行数字化；所述步骤3)中，对任一数值序列使用R/S分析方法通过如下步骤获得数值序列的Hurst指数：a)通过下式，获得均值序列：
b)通过下式，获得累计离差：
c)通过下式，获得极差：R(n)＝maxu(i,n)?minu(i,n)；d)通过下式，获得标准差：
则H为该序列的Hurst指数；以上步骤中，3≤n≤N。
关 键 词：
法律状态：公开
IPC专利分类号：G06F19/22(2011.01)I